Sheppard e Ronon sono intrappolati sotto a un laboratorio crollato. Anche McKay e Lorne sono sotto le macerie. La nave ammiraglia di Michael, un incrociatore Wraith, si dirige sul luogo mentre Carter guida il salvataggio. Chi arriverà per primo?

Keller non arriva in tempo per il turno, e i membri della squadra sono scioccati quando la trovano priva di sensi nel suo alloggio. La situazione peggiora ad Atlantide e Woolsey prende una decisione che potrebbe costare la vita a Keller.

Durante una missione su un pianeta lontano, Ronon (Jason Momoa) viene attaccato e catturato dal suo vecchio amico Tyre (Mark Dacascos) e consegnato ai Wraith. La squadra cerca indizi, mentre Ronon è sottoposto a una dolorosa prova.

La squadra passa da una realtà alternativa all'altra su un misterioso duplicato della Dedalus che ha un guasto tecnico, imbattendosi in sinistre forme di vita aliene, un sole rovente e una battaglia spaziale su Atlantide.

Dopo una serie di anomalie e interruzioni d'energia, la squadra Atlantis deve affrontare una decisione impossibile: liberare una misteriosa entità o stare a guardare mentre distrugge sistematicamente le infrastrutture tecnologiche della città.

Tornato ad Atlantide, McKay si ammala inesplicabilmente. Temendo il peggio, i dottori chiamano sua sorella per salutarlo. Ronon parla a Jeannie di un santuario che potrebbe aiutare Rodney a essere se stesso ancora per un giorno prima che muoia.

Il Dr Beckett (Paul McGillion) ritarda la sua partenza da Atlantide quando giunge la notizia che il maggiore Anne Teldy (Christina Cox) e la sua squadra hanno scoperto un laboratorio segreto abbandonato di Michael in una vasta catacomba sotterranea.

Keller e la squadra Atlantis incontrano il Wraith Todd per fargli una proposta sorprendente: Keller crede di aver trovato una "cura" per la fame di carne umana dei Wraith, ma ha bisogno di una cavia per questo trattamento innovativo.

McKay e Ronon si offrono volontari per assistere la dr.ssa Jennifer Keller con un follow-up medico lontano da Atlantide. Al ritorno, sono sorpresi di constatare che è già andata via, ma una ricerca nel villaggio non produce alcuna traccia.

Una ricerca spinge il dr. Daniel Jackson (Michael Shanks) della Stargate SG-1 su Atlantide: uno scienziato ribelle degli Antichi chiamato Janus (Gildart Jackson) pare abbia nascosto un laboratorio segreto in qualche luogo della città.

Jackson e McKay riattivano l'Attero, un dispositivo degli Antichi progettato per annientare i Wraith. Nel farlo, scoprono la ragione per la quale il dispositivo è stato abbandonato... Intanto, Todd tiene in ostaggio l'equipaggio della Dedalus.

Il colonnello Sheppard e la sua squadra individuano il dr. Carson Beckett su un pianeta alieno dove cura un gruppo di sopravvissuti all'epidemia Hoffan. Quella stessa sera, un gruppo di guerrieri Wraith arriva e minaccia la distruzione totale.

Il tenente colonnello John Sheppard (Joe Flanigan) e la sua squadra vengono invitati a rappresentare Atlantide da una nuova coalizione galattica. Al loro arrivo, vengono immediatamente arrestati e sottoposti a processo per crimini contro l'umanità.

Atlantide sprofonda improvvisamente nel buio. Mentre Sheppard e McKay cercano di arrivare al livello superiore della torre centrale, l'unico ancora funzionante, scoprono che è stato stabilito un campo di forza che impedisce loro di accedervi.

Richard Woolsey (Robert Picardo) lotta per mantenere la sua posizione di leader dell'Atlantis, e McKay (David Hewlett) e Zelenka (David Nykl) indagano su una misteriosa scoperta. Sheppard è catturato da un vecchio nemico che vuole invadere la città.

La squadra Atlantis ha due settimane di ferie, e il dr. Rodney McKay accetta con riluttanza l'invito di un suo vecchio rivale, Malcolm Tunney, a partecipare a una dimostrazione scientifica che, afferma, sarà la soluzione al riscaldamento globale.

La squadra si prepara al peggio salendo a bordo di una nave alveare dei Wraith che vola su Atlantide. Sono sorpresi di trovare l'equipaggio in fase di stasi, ma un guasto li risveglia... e il pericolo che si nutrano l'uno dell'altro diventa tangibile.

Jennifer Keller inizia a comportarsi in modo strano, ed esami accurati non rivelano nulla di anomalo. Tuttavia, McKay indaga e inizia a sospettare che la dr.ssa Keller e Neeva Casol, una famosa criminale, si siano scambiate le personalità.

In un universo alternativo, il detective John Sheppard lavora con il Dipartimento di Polizia di Las Vegas e indaga su una serie di strani omicidi commessi da un bizzarro killer seriale. La vita è cambiata o questo è un pericoloso piano dei Wraith?

Confusa dalla partenza improvvisa della nave alveare, la squadra rileva un segnale subspaziale debole in codice Wraith. Le peggiori paure si trasformano in realtà: contiene un insieme di coordinate molto familiari. La nave si dirige verso la Terra!