La squadra SG-1 affronta due disastri distanti anni luce l'uno dall'altro: un accumulo di energia nello Stargate rischia di distruggere la Terra e Teal'c (Christopher Judge) scopre la moglie morta, il figlio estraniato e il pianeta minacciato.

Teal'c e suo figlio combattono per salvare la Terra, O'Neill porta con l'X-302, un nuovo caccia interstellare, lo Stargate lontano dalla Terra per farlo esplodere nello spazio profondo senza conseguenze. Ma l'SG-1 sarà operativa senza lo Stargate?

La squadra SG-1 ispeziona una nave goa'uld abbandonata in orbita attorno alla Terra. Mentre tentano di recuperarla, dei sabotatori attaccano e il veicolo precipita nell'oceano con O'Neill e la squadra al suo interno... e il tempo sta per scadere.

Una donna aliena, che potrebbe anticipare l'evoluzione di 50 milioni di anni, e parte della razza che ha inventato lo Stargate, viene rinvenuta in Antartide. L'SG-1 la riporta in vita, scoprendo che potrebbe essere lei l'origine di un virus letale.

Uno scienziato che svolge ricerche sulle cellule staminali scompare e Carter, Teal'c e Quinn indagano, scoprendo che la città dell'uomo è infestata da goa'uld che di notte controllano i cittadini. Riusciranno Carter, Teal'c e Quinn a espugnarla?

Un signore goa'uld cattura O'Neill (Richard Dean Anderson) e lo tortura per avere informazioni sui tok'ra. Durante le torture, Daniel Jackson (Michael Shanks) appare offrendogli supporto. L'SG-1 va a salvare O'Neill prima che sia troppo tardi.

Quinn è combattuto quando un professore del suo pianeta chiede all'SG-1 aiuto per rovesciare il governo di Kelownia e fermare una guerra civile. L'SG-1 lascerà che il pianeta si distrugga da solo... o sta forse correndo un inutile pericolo?

Due scienziati che lavorano a un progetto su un pianeta assistono alla cattura dell'SG-1 durante un raid dei goa'uld e tentano di salvare la squadra. In realtà è un piano dell'SG-1 per infiltrarsi tra i goa'uld e contattare un informatore tok'ra.

Scappando dai goa'uld, i tok'ra si rifugiano su un sito Alpha SGC occupato dai jaffa. L'inimicizia tra i due gruppi degenera quando un assassino crea scompiglio nel campo. O'Neill potrà intervenire prima che l'assassino scappi con le coordinate?

La squadra SG-1 visita Pangar, un pianeta dove gli umani hanno sviluppato una sostanza che potenzia il sistema immunitario. Ma l'SG-1 non sa come venga prodotta e la sconvolgente rivelazione sarà la chiave per scoprire le origini dei tok'ra.

Agenti ribelli dell'NSA dirottano la nave X-303 e chiedono che Adrian Conrad sia portato a bordo. Con la sua conoscenza dei goa'uld, Conrad attiva la X-303 e la porta anni luce dalla Terra, mentre O'Neill e Teal'c organizzano un audace salvataggio.

L'SG-1 è bloccata nello spazio profondo e Thor va in soccorso. Chiede a O'Neill di aiutarlo a combattere i Replicatori. Convinto che attaccheranno la Terra, O'Neill organizza una coraggiosa missione per fermare i Replicatori una volta per tutte.

L'SG-1 torna da una missione con un dispositivo che innesca la capacità di vedere assurde ma innocue forme viventi da una realtà parallela. Il contagio si estende ai civili e O'Neill e la squadra devono fermarlo prima che l'isterismo si diffonda.

Durante la sua campagna elettorale, il senatore Kinsey subisce un attentato e O'Neill viene ripreso mentre lascia l'edificio dal quale sono partiti i colpi. Con O'Neill in carcere, Carter, Teal'c e Jonas devono provare la sua innocenza.

Il colonnello Maybourne visita O'Neill e afferma che rivelerà l'ubicazione di un arsenale di armi aliene in cambio del perdono presidenziale. L'SG-1 accompagna Maybourne a recuperarle, scoprendo che le sue intenzioni non sono quelle che sembrano.

L'SG-1 scopre che Nirrti sta trasformando gli abitanti di un pianeta inesplorato con una macchina che altera il DNA. Catturato mentre cerca di fermarla, O'Neill deve fuggire prima che lui e l'SG-1 siano sottoposti allo stesso trattamento.

Il generale Hammond e il Pentagono rivelano l'esistenza dello Stargate ad altri governi. Il senatore Kinsey propone che il generale Hammond venga sollevato dall'incarico e che sia l'NID, gestito da autorità civili, a guidare il programma Stargate.

L'SG-1 scopre tre sopravvissuti umani su un pianeta che dichiarano di essere stati attaccati da alieni ostili. Carter li aiuta a riparare il computer di bordo rivelando il loro segreto e scoprendo che... le cose non sono sempre quelle che sembrano.

Teal'c sperimenta misteriose allucinazioni e visioni in cui è un essere umano. La sua paranoia aumenta e Teal'c deve affidarsi all'aiuto dell'amico Daniel Jackson per capire dove finiscano i suoi sogni e dove... inizi la realtà.

L'SG-1 accompagna l'X-53 nel suo viaggio nello spazio profondo. Quando la nave esce dall'iperspazio, l'SG-1 rimane bloccata e non può tornare sulla Terra. L'unica possibilità che ha è esplorare un pianeta vicino, dove si dice vi sia uno Stargate.

L'SG-1 incontra una civiltà che vuole essere liberata dai goa'uld. Sul pianeta, Jonas si sente male. Gli viene diagnosticato un tumore al cervello che gli dà la capacità di avere visioni sul futuro e vedere... l'SG-1 finire in un'imboscata!

Daniel appare a O'Neill e gli dice che Anubis ha localizzato l'Occhio di Ra, un potente manufatto nascosto su Abydos. Grazie a Daniel, l'SG-1 lo trova e Anubis, determinato ad averlo, minaccia di distruggere il pianeta se non gli viene consegnato.