Carter e Teal'c raggiungono il pianeta Asgard chiamato Hala sperando di risvegliare O'Neill, ma vengono attaccati dai Replicatori e Carter viene catturata. Intanto, il dr. Weir e Jackson negoziano un trattato con i Signori del Sistema Goa'uld.

I Goa'uld mandano una nave madre sulla Terra chiedendo di mostrare le sue armi di difesa superiori. La dr.ssa Weir rimane diplomatica, ma Jackson e O'Neill, ancora privo di sensi, vengono inaspettatamente trasportati sulla nave di Thor.

O'Neill, convinto che la base sia infetta dopo che Jackson contrae una misteriosa malattia, la mette in quarantena. Ma Jackson rivela che era posseduto da Anubis, e O'Neill deve scoprire l'identità del nuovo ospite!

O'Neill sta seguendo la visita del Presidente e i negoziati con le tribù in guerra di Amra, quando l'SG-1 viene catturata. La sua competenza è messa alla prova: deve scegliere tra la vita della squadra e il destino del pianeta!

Gli abitanti di un lontano pianeta credono che gli dei torneranno attraverso lo Stargate per ricompensare i loro fedeli. L'SG-1 capisce che gli "dei" di cui parlano sono i Goa'uld e li avverte del pericolo che corrono.

La squadra crede che un simulatore VR non sia utile per allenarsi contro i Goa'uld. Teal'c lo sperimenta, ma il dispositivo gli invia delle scosse elettriche quando muore nel gioco e, se non riuscirà a vincere, il simulatore lo ucciderà.

A Teal'c viene finalmente permesso di vivere fuori dalla base e si stabilisce nella sua nuova casa. I vicini lo adorano. È tranquillo e protegge la comunità, ma non a tutti va a genio l'integrazione di Teal'c tra i comuni cittadini.

Alec Colson può dimostrare che il governo sta proteggendo un accordo con gli alieni e che la Terra è stata quasi distrutta da un'invasione aliena. Colson concede alle nazioni coinvolte 24 ore per rivelare tutto, o sarà lui a farlo.

Teal'c e Bra'tac sono appena tornati dal pianeta Ha'ktyl dove hanno cercato di convincere la leader dei guerrieri ribelli Ishta ad aspettare che i suoi alleati Jaffa aumentino prima di scatenare la guerra contro i Signori del Sistema Goa'uld.

Si indaga sulla scomparsa dello Stargate e la squadra nota uno scienziato che marca il portale con un raggio localizzatore. È forse opera del Trust, pronto ad agire in maniera sconsiderata pur di proteggere la Terra da invasori alieni.

Arriva un vecchio I.D.C. e chiede di "Inviare M.A.L.P." La telemetria M.A.L.P. mostra che la persona che invia la trasmissione è Carter, che si trova in realtà nella stanza di controllo dell'SGC. L'altra Carter spiega di essere un Replicatore.

È approvata una missione per portare la Prometeo alla galassia Pegaso. Jackson vuole farne parte, ma O'Neill pensa sia troppo prezioso per metterlo a rischio. La decisione viene ribaltata dal generale Hammond, ora a capo della sicurezza interna.

L'SG-1 cerca di avvertire Harry Maybourne degli attacchi Goa'uld, ma scopre che è diventato re di un popolo primitivo e crede di possedere manoscritti di un viaggiatore del tempo degli Antichi che ha predetto questi eventi.

O'Neill trova la porta di casa aperta e l'ex vicepresidente Kinsey che lo attende. Vorrebbe chiamare la polizia, ma finisce per allearsi con Kinsey quando apprende dell'esistenza di un'organizzazione ribelle detta Trust.

A una svendita, il barbiere Joe Spencer compra una strana pietra che gli causa delle visioni delle missioni dell'SG-1. Affascinato, le condivide con chi vuole ascoltarlo. Quando capisce che l'SG-1 esiste, il suo interesse si trasforma in ossessione.

Teal'c e Bra'tac credono sia giunto il momento di guidare il loro popolo in rivolta contro i Goa'uld. Ma i piani saltano quando un esercito di Replicatori prende il controllo sistematico delle navi Goa'uld e cattura Jackson.

In un tempio in rovina a Dakara c'è un'arma degli Antichi in grado di distruggere i Replicatori. La squadra viene avvertita della sua presenza. Grazie alla conoscenza soppressa di Daniel sugli Antichi, anche il Replicatore Carter ora lo sa.

Dopo un'estenuante battaglia, la squadra torna ai problemi di sempre, ma non sospetta che Anubis stia preparando un'ultima sfida! Intanto, Jackson si sveglia in un limbo situato tra il mondo dei viventi e il mondo degli esseri "ascesi".

Jackson riceve documenti che spiegano dove si trova uno ZPM nell'antico Egitto. Sperando di poterlo utilizzare per difendere la Terra e trovare Atlantide, l'SG-1 utilizza una macchina del tempo per tornare al 3000 a.C.

L'SG-1 ha provato a recuperare uno ZPM dal 3000 a.C. ma ha alterato il tempo, creando un presente in cui lo Stargate non è stato scoperto! I Carter e Jackson della realtà alternativa convincono O'Neill a portarli con sé nella loro prima missione.