L'SG-1 cerca la Città Perduta e scopre che gli Antichi hanno riportato indietro il Dr Daniel Jackson lasciandolo privo di memoria. Mentre l'SG-1 lo aiuta a recuperare la memoria, la squadra capisce che la Città Perduta non è sullo stesso pianeta.

Anubis va a Kelowna dove si trovano miniere di una fonte di energia molto più potente che può rendere la sua nuova arma più distruttiva. I capi di Kelowna contattano l'SG-1 in cerca di aiuto, ma fanno un accordo sconsiderato con Anubis.

Un quindicenne si infiltra nell'SGC sostenendo di essere il colonnello Jack O'Neill, misteriosamente "ringiovanito" di 30 anni durante la notte. Con le conoscenze di O'Neill, il suo DNA, e, soprattutto, il suo atteggiamento, sarà davvero O'Neill?

Con l'aiuto di Daniel, Teal'c ha una visione di Rya'c e Bra'tac prigionieri in un campo di sterminio Goa'uld. Insieme all'SG-1, Teal'c decide di salvare suo figlio e il suo mentore, ma supererà in tempo le sue paure?

A 6.000 anni luce di distanza, O'Neill e il team SG-1 scoprono un universo devastato i cui abitanti vivono in una cupola protettiva. Sopravvivono tramite un sistema informatico che controlla tutto, il "Link". Ma è una salvezza o una maledizione?

L'SG-1 trova una nave che si è schiantata e che contiene centinaia di persone ibernate. Colpito da un'arma invisibile, il team perde i sensi. Al risveglio scopre che le coscienze degli esseri ibernati hanno preso possesso del corpo di Daniel!

Un'operazione dell'SGC in una miniera di Naquadah subisce l'attacco di una tribù natia di Unas. L'SG1 scopre che gli Unas considerano quel terreno sacro. Invece di attaccare gli Unas, Daniel va a negoziare con loro.

Il Serrakin Warrick propone di condividere la tecnologia del suo pianeta con la Terra se Carter l'aiuterà a vincere una gara spaziale. Carter accetta e fa da copilota della nave in un pericoloso percorso a ostacoli; ma è una gara rischiosa.

Il Dr Felger crea un virus del computer per disattivare i mondi controllati dai Goa'uld. Ma il programma ha un guasto che si diffonde in tutta la rete Stargate. O'Neill, Teal'c e Daniel sono intrappolati, e il pericolo è dietro l'angolo.

L'SG-1 incontra una razza di donne guerriere la cui sopravvivenza dipende dai simbionti allevati dai Jaffa. Teal'c e l'SG-1 devono convincere la sacerdotessa a superare la paura di affidarsi a una droga salvifica prima che i Goa'uld le distruggano.

L'SG-1 incontra un guerriero bio-ingegnerizzato avanzato dotato di super forza, creato da Anubis. Mentre il team cerca di rintracciare l'origine di questo nuovo nemico, Daniel va in Sud America in cerca di un dispositivo lasciato dagli Antichi.

Trovata la base dei guerrieri, Carter viene incaricata di scoprire i piani di Anubis. Intanto, O'Neill va in missione in Sud America per salvare Daniel, rapito dai ribelli honduregni che chiedono un riscatto.

Ferita durante un attacco alieno, Carter si sveglia e si ritrova abbandonata sulla nave Prometeo e intrappolata. Con il suo subconscio come guida, Carter deve uscire dalla nebulosa prima che distrugga la nave e la sua speranza di tornare a casa.

Jonas Quinn torna all'SGC con la notizia che le miniere di Naquadria di Kelowna non appartengono al suo mondo e potrebbero causare un'esplosione nel nucleo del pianeta che lo renderà inabitabile e farà milioni di vittime.

Daniel fa dei sogni sulla sua possibile conoscenza della Città Perduta degli Antichi. Il team, sospettando che la mente di Daniel sia manipolata, deve trovare il modo di aiutarlo mantenendo il segreto con i Goa'uld.

Carter scappa da un superguerriero con una tecnologia che potrebbe sconfiggere l'esercito di Anubis. Ferita e disarmata, Carter deve usare tutto il suo addestramento per sopravvivere, mentre O'Neill e Teal'c la cercano prima che sia troppo tardi.

Quando l'aeronautica manda la troupe di un documentario per filmare l'importanza storica del programma Stargate, i membri dell'SGC sono restii. La tensione cresce quando un'emergenza costringe il generale Hammond a limitare l'accesso all'SGC.

Con il compito di documentare l'importanza del Programma Stargate, una troupe sta realizzando un documentario sulla natura eroica e il legame familiare del Comando Stargate quando un membro dell'SGC viene ucciso.

L'SG-1 indaga sulla morte di un gruppo di scienziati ribelli dell'NID e fa una scoperta sconcertante: gli esperimenti degli scienziati potrebbero aver combinato il DNA creando il male supremo, un essere umano con la coscienza di un Goa'uld.

Nel suo primo giorno di mandato, il nuovo Presidente degli Stati Uniti viene a sapere del Programma Stargate e deve essere aggiornato sugli ultimi sette anni della sua esistenza. Con Richard Dean Anderson e Amanda Tapping.

O'Neill si fa scaricare di nuovo la conoscenza degli Antichi nella mente, nonostante la prima volta sia quasi morto. Mentre si deteriora lentamente, lui e l'SG-1 lottano contro il tempo per scoprire il segreto della Città Perduta.

O'Neill si fa scaricare di nuovo la conoscenza degli Antichi nella mente, nonostante la prima volta sia quasi morto. Mentre si deteriora lentamente, lui e l'SG-1 lottano contro il tempo per scoprire il segreto della Città Perduta.