La squadra viene salvata dall'arrivo del colonnello Steven Caldwell, dalla Dedalo, e dalla distruzione delle due navi Wraith in avvicinamento. McKay spera che lo Zero Point Module sia la chiave del loro successo, ma Ford è strano dopo un incidente.

Al ritorno della squadra dalla Terra, Sheppard inizia a farsi domande quando si verificano strani guasti. La squadra scopre che la Dedalo è stata infettata da un virus dei Wraith, e la nave va in modalità di sopravvivenza.

La ricerca del tenente Ford porta Sheppard e Teyla sul pianeta P3M-736 dove vengono catturati da Ronon Dex, un uomo in fuga, inseguito dai Wraith. La squadra si offre di aiutare Ronon ad affrontare nuovamente i Wrath.

Sul pianeta Thenora, la squadra è scossa quando McKay e l'ufficiale Laura Cadman vengono portati a bordo di una nave Dardo dei Wraith. La squadra la abbatte, ma scopre che un errore tecnico ha trasferito la coscienza di Cadman nel corpo di McKay.

La squadra scopre un pianeta che punisce con crudeltà chiunque commetta un crimine: viene messo vicino allo Stargate e portato via dai Wraith. La punizione è efficace, ma porta la società a condannare persone innocenti per compiacere i Wraith.

La squadra scopre i resti di un esperimento su cui stavano lavorando gli Antichi per creare un generatore di energia e McKay pensa di poter terminare ciò che hanno iniziato. Teyla e Ronon scoprono che Ronon non è l'ultimo della sua specie.

Beckett inizia a sperimentare un nuovo trattamento che potrebbe rendere i Wraith umani. La prima paziente della squadra è una ragazza Wraith. Essendo stata cresciuta dagli umani, la ragazza è incauta e impaziente di provare qualsiasi cosa.

Dopo che gli viene iniettato il trattamento per Wraith di Beckett, Sheppard è in pericolo di vita mentre si trasforma in un insetto Iratus ibrido. La squadra cerca una cura per invertire gli effetti collaterali, ma tutto dipenderà da Sheppard.

Sheppard (Joe Flanigan) e la squadra scoprono una nave da guerra degli Antichi, l'Aurora, in animazione sospesa. Sheppard sale a bordo con un ambiente virtuale, in cerca di informazioni preziose dagli Antichi.

La squadra viene rapita dal tenente Aiden Ford che ha creato una sua squadra di super soldati, uomini che hanno preso l'enzima Wraith. La squadra di Ford vuole distruggere una nave alveare per dimostrare quanto sia grandioso e potente l'enzima.

Il team viene preso in ostaggio dai Wraith dopo il fallimento della distruzione dell'Alveare. Sheppard viene presentato alla Regina Wraith, che vuole delle risposte. McKay torna ad Atlantide sperando di convincere le guardie a salvare la squadra.

La squadra scopre un dispositivo creato dagli Antichi che, senza preavviso, risucchia Sheppard. La squadra si precipita a liberarlo da quello strano luogo in cui è bloccato, e McKay scopre che il tempo passa in modo diverso lì dentro.

La squadra deve fermare il piano dei Goa'uld di distruggere Atlantide quando il maggiore generale Landry la informa di una bomba allo Stargate che esploderà quando la squadra tornerà sulla Terra. Intanto, le navi dei Wraith vanno verso Atlantide.

Testando un Puddle Jumper appena riparato, McKay e il capitano Hugh Griffin perdono il controllo della nave e si schiantano nell'oceano. Mentre il jumper lentamente affonda verso il fondo dell'oceano, Griffin si sacrifica per salvare McKay.

Sheppard e la squadra scoprono un mondo con una tecnologia creata dagli Antichi. Ma la famiglia reale del pianeta non permette a nessun altro di usare la tecnologia e tratta gli abitanti del villaggio ben poco dignitosamente.

La squadra scopre due capsule criogeniche nello spazio e, indagando, per sbaglio trasferisce le menti degli individui che preservano in Sheppard e nel Dr Weir. Le cose peggiorano quando si scopre che i due individui vogliono uccidersi a vicenda.

La squadra del colonnello Sheppard raggiunge M1K-177, luogo in cui la squadra del maggiore Lorne è stata attaccata. Quando Sheppard e la sua unità arrivano trovano solo un edificio bruciato con corpi carbonizzati: si presume siano Lorne e i suoi.

Il tenente Kenmore si sveglia in infermeria senza memoria e capisce che qualcosa non va quando i suoi incubi in cui è un Wraith sembrano più che reali. Le sue paure non sarebbero fondate, se non fosse per il siero che rende i Wraith umani.

Invitati dai cittadini che guidano Taranis, il Dr Norina Pero e il Cancelliere Lycus, Sheppard e la squadra visitano il pianeta. I due chiedono che McKay ripari il generatore di scudo su una base degli Antichi e una nave Antica che hanno scoperto.

Kenmore torna ad Atlantide con un gruppo di Wraith, durante una guerra civile. Sperando di usare la sua conoscenza di Atlantide contro Sheppard e la squadra, propone uno scambio; il siero di Beckett, in cambio del segreto di Atlantide.