Dopo l'omicidio di J.D. Jordan va a Washington per provare la sua innocenza. Lu ingaggia un anatomopatologo esterno al gruppo per trovare prove contro Jordan. Garret e il team lavorano per provare la sua innocenza.

Lu e Jordan indagano sul suicidio di un adolescente, vittima di un pedofilo che ora Jordan insegue. Intanto, Woody indaga su una donna investita più volte e un procuratore speciale revisiona il dipartimento. Lily ha delle sorprendenti novità.

Alcuni poliziotti uccidono un criminale di 8 anni con 33 colpi, sconvolgendo l'opinione pubblica a Boston. Jordan (Jill Hennessy) e il resto del team indagano sulla sparatoria, ma un membro del team sparisce improvvisamente.

In questo crossover con "Las Vegas" Danny e Delinda sono in vacanza a Boston e cercano di aiutare Jordan e Woody a cercare un killer. Nel frattempo, Lily è incinta e torna all'obitorio per identificare il padre del suo bambino.

L'ispettore William Ivers tartassa l'obitorio controllando tutti i membri del team. Jordan e Lily vanno a recuperare un cadavere che però scompare causando non poche complicazioni. Woody indaga sulla morte di un ragazzo di 16 anni.

Una sparatoria causa tre vittime, incluso un presunto assassino e il suo infido avvocato difensore. Con sua grande sorpresa, una delle vittime è dichiarata per errore morta e portata all'obitorio per l'autopsia. Con Jill Hennessy.

Woody e Nigel cercando di fermare un serial killer detto "Il Boia" che lascia messaggi criptici sul blog di Nigel. Jordan sottopone a verifica vecchie autopsie e scopre che Bug potrebbe aver fatto mettere in carcere un uomo innocente.

Jordan svolge un'autopsia che William Ivers le aveva ordinato di non fare e scopre un virus che mette a rischio l'obitorio e l'intera città. Lily, incinta, è entrata in contatto con il virus e non può assumere medicinali e Bug si preoccupa.

Durante le indagini sulla morte di una ragazza di 16 anni, Jordan ha problemi di salute che preoccupano Garret. Viene trovato un corpo mummificato ben più moderno di quanto i membri del team possano pensare.

Woody e Jordan uniscono le forze per risolvere il caso di una donna incinta uccisa il cui feto è sparito. Woody scopre un errore di Jordan che potrebbe compromettere il caso. Garret fa fare un tour dell'obitorio a dei ragazzi che vanno spaventati.

Jordan e Woody fanno una corsa contro il tempo per trovare lo scuolabus dirottato scomparso con i bambini dentro. Babbo Natale è morto ed è all'obitorio. Tutti sono preoccupati quando il segreto di Jordan viene rivelato.

Garret porta Jordan all'ospedale dove farà l'operazione al cervello. Mentre Garret aspetta di sentire l'esito dell'intervento di Jordan, gli altri si gettano nel lavoro per non pensarci. Woody indaga un omicidio con un testimone pronto a parlare.

Jordan è in convalescenza dopo l'intervento al cervello, ma soffre di allucinazioni che tenta di nascondere ai colleghi. Bug non si presenta per fare il suo turno da Jordan e il team scopre che è stato preso in custodia dalla Sicurezza Nazionale.

Con riluttanza Garret lascia tornare Jordan al lavoro. Il primo caso è cercare il killer di un buon samaritano. Bug cerca di dimenticare l'episodio con la Sicurezza Nazionale e la morte di uno sposo tiene Nigel, Woody e Switzer occupati.

Il caso di una donna morta fa lavorare Jordan e Ivers insieme. Lo psichiatra di Lily e Jeffrey muore nel bel mezzo di una loro seduta. Improvvisamente, Lily ha le doglie e sono tutti pronti ad aiutarla a portare il suo bambino al mondo.

Woody e Jordan si occupano della "morte" di un uomo che non è ancora stato assassinato e che dichiara che sta venendo lentamente avvelenato. Nigel e Switzer lavorano all'autopsia di due maghi. Una decisione di Bug cambia per sempre la vita di Lily.

Nel finale di serie Jordan e il team viaggiano per esaminare 18 corpi su una nave da carico. L'aereo di ritorno del team si schianta sulle montagne e la squadra indaga su quello che è successo mentre attende i soccorsi.