Il team indaga sull'uccisione di un meccanico della Marina addetto ad operazioni segrete con un elevato nullaosta sicurezza che li conduce a trafficanti di armi illegali. Anna Kolcheck è tornata a Los Angeles e, nell'attesa che la sua domanda di assunzione alla sede ATF di Glendale venga accolta, accetta l'offerta di Hetty di lavorare part - time con la squadra, affiancando, per questo caso, Callen. Nell fa coppia con Granger, mentre Hetty invia Sam (dopo avergli spiegato l'accordo preso con il Segretario della Difesa) presso la prigione federale maschile di Terminal Island ad interrogare Carl Brown, il loro ex collega che ha ammesso di essere la talpa. Sam riesce a fargli confessare di essersi preso tutte le colpe per coprire la donna di cui era innamorato, che adesso ha messo una taglia di 50.000 dollari sulla sua testa. Deeks, che all'inizio dell'episodio manifesta a Hetty il suo timore di non essere in grado di offrire alla fidanzata il supporto di cui avrà bisogno quando si risveg
