L'NCIS viene coinvolta in un caso quando il cadavere di un ufficiale della marina viene rinvenuto in un cassonetto. Si scopre che lavora per il comando militare nazionale che codifica i codici per il lancio di missili nucleari militari. Era seguito sin dall'uscita dal Pentagono per rubargli un laptop. L'ufficiale è lo zio di Phineas, un ragazzo vicino di Gibbs. Poco dopo anche Micki e George Kaydar, zii e genitori adottivi di Phineas vengono coinvolti in un incidente che li porta in ospedale. Sull'auto vi era anche Phineas che però è scappato. McGee mette al corrente Gibbs che si precipita in ospedale per ottenere informazioni ma la dottoressa Hildegard può solo dirgli che i genitori sono incoscienti al momento. Gibbs torna a casa e sente dei rumori, scende in cantina e trova Phineas che vi si è pensando fosse un luogo sicuro.
