Cast: Chris O'Donnell, Daniela Ruah, Barrett Foa, Linda Hunt, Ll Cool J, Eric Christian Olsen, Renee Felice Smith, Miguel Ferrer, Peter Cambor.
Callen e Hanna sono ancora intrappolati a bordo di un sottomarino con i terroristi che stanno progettando un attacco contro una portaerei a San Diego, California. Henrietta va contro gli ordini e decide di annullare il suo viaggio a Washington, DC. I restanti membri della squadra tentano di trovare il sottomarino e prevenire che l'attacco si verifichi.
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