La nuova squadra Stargate guidata dalla dr.ssa Elizabeth Weir (Torri Higginson) si imbarca in una pericolosa missione in una galassia lontana e scopre la mitica città perduta di Atlantide e un nemico letale che si nutre di paura umana. Prima parte.

La nuova squadra Stargate guidata dalla dr.ssa Elizabeth Weir (Torri Higginson) va in una pericolosa missione in una galassia lontana e scopre la mitica città perduta di Atlantide e un nemico letale che si nutre di paura umana. Seconda parte.

McKay (David Hewlett) si offre volontario per provare la terapia genetica ATA (Attivazione di Tecnologia degli Antichi) di Beckett (Paul McGillion), ma il dispositivo non può essere più spento e il dr. McKay rischia la vita non potendo più nutrirsi.

La squadra Stargate corre a salvare il maggiore John Sheppard (Joe Flanigan) rimasto bloccato nello Stargate. Rimangono solo 38 minuti prima che il gate si scolleghi automaticamente e Sheppard venga espulso nello spazio, dove morirà soffocato.

Dopo una serie di attacchi dei Wraith, la dr.ssa Elizabeth Weir sospetta ci sia una spia nella squadra, e tutti gli indizi puntano a Teyla. Sentendosi traditi dai sospetti della squadra, gli Athosiani si trasferiscono su un pianeta appena scoperto.

Sheppard (Joe Flanigan), la dr.ssa Weir (Torri Higginson) e il resto della squadra visitano M7G-677, un nuovo pianeta dove gli abitanti vivono fino a 24 anni a causa di un rituale suicida che credono stia tenendo i Wraith lontani da loro.

Sul pianeta Hoff, il dr. Beckett cerca di aiutare gli Hoffan a creare un vaccino contro i Wraith. Ma, nonostante la squadra li metta in guardia sui suoi effetti collaterali, tra i quali violenza e morte, gli Hoffan decidono di correre il rischio.

La squadra visita i Genii, una pacifica comunità di contadini, per ottenere cibo e sopravvivere durante la loro missione. Le cose prendono una piega indesiderata quando si scopre che i Genii hanno in programma un massiccio attacco contro i Wraith.

Arrivati sul nuovo pianeta M5S-224, Sheppard e la sua squadra scoprono un gate che li porta sulla Terra. Sperano di ritornare indietro con un nuovo hyperdrive, ma i motori improvvisamente esplodono, e si trovano davanti a una nuova sfida.

Sheppard e Teyla scoprono che sta arrivando una violenta tempesta che minaccia la città. La squadra deve evacuarla e i Manariani offrono un riparo. Mentre cercano un modo per potenziare lo scudo, la città viene invasa dai Genii.

Sheppard (Joe Flanigan) gioca pericolosamente al gatto e al topo mentre tenta di riconquistare la città di Atlantide in mano ai Genii che la tengono in ostaggio, insieme a Weir (Torri Higginson) e McKay (David Hewlett).

Sheppard e McKay sono in esplorazione insieme a due scienziati, quando si imbattono in un segnale di soccorso proveniente da una nave Wraith. Quando indagano, scoprono che la nave invia il segnale di SOS da 10.000 anni.

Un gruppo di scienziati ispeziona la città danneggiata dall'uragano, e libera involontariamente un virus che causa allucinazioni e morte. Il virus infetta McKay, Zelenka e Ford, mentre Sheppard deve fermare il contagio.

Mentre cercano un nuovo pianeta, Sheppard (Joe Flanigan) e la squadra trovano un mondo paradisiaco, Proculus, che sembra essere un rifugio ideale per chi è in fuga dai Wraith. Tuttavia, gli abitanti locali temono che la loro dea sia contraria.

Durante l'esplorazione di una città, Sheppard (Joe Flanigan) e la squadra scoprono un'anziana donna in uno stato di morte apparente. Pensano sia un Antico e la risvegliano, scoprendo però che è la dr.ssa Weir (Torri Higginson).

La squadra cerca il prezioso Zero Point Module che si dice sia nascosto sul pianeta Dagan, dove i Sudariani hanno lasciato il modulo 10.000 anni fa. Nella sua ricerca, la squadra inizia a preoccuparsi dei suoi nuovi alleati e dei loro moventi.

McKay scopre come inviare messaggi sulla Terra, e i membri della squadra mandano messaggi ai propri cari, mentre i Wraith si avvicinano alla città. Sheppard and Teyla lasciano Atlantide sperando di raccogliere informazioni sull'esercito dei Wraith.

Terrorizzata da spaventosi incubi, Teyla (Rachel Luttrell) inizia a ricordare di quando lei e suo padre erano stati catturati dai Wraith e sottoposti a terribili esperimenti. Con l'aiuto di una donna Athosiana, Teyla scava nel suo passato.

Le navi alveare dei Wraith si avvicinano ad Atlantide, e la squadra cerca un luogo dove fuggire e un modo per distruggere la città. McKay (David Hewlett) e la squadra attivano la piattaforma per le armi orbitali degli Antichi per uccidere i Wraith.

La squadra inizia a perdere la speranza, e il colonnello Everett è inviato dal Programma Stargate sulla Terra. Mentre Everett e la squadra preparano un piano, la nuova nave da battaglia Dedalo arriva con uno Zero Point Module e con nuove speranze.