A seguito di una soffiata sulle armi di contrabbando, Bishop e Torres si ritrovano coinvolti in una sparatoria in una ex residenza dello sceriffo che ora è un sito storico. Vengono rinchiusi nelle celle di prigione abbandonate lì. Gli autori della sparatoria sono i fratelli Duncan. Gibbs è preoccupato dalla loro assenza e insieme alla squadra inizia ad indagare. Lo sceriffo Mayes avverte Gibbs di aver ritrovato l'auto dell'NCIS con a bordo il cadavere di uno dei fratelli Duncan. Le indagini di intensificano fino a rintracciare un amico dei Duncan, autore della soffiata, che indica un luogo su dove i due agenti potrebbero essere. Nel frattempo Bishop, nel tentativo di evadere, aziona una bomba. Arriva anche Jessie Duncan e i tre trovano un accordo per non morire tutti. Duncan recupera il materiale e si dilegua. Gibbs riesce a fermarlo e libera i suoi agenti. Gibbs e McGee si chiariscono sulla situazione vissuta.
