Dopo l'attacco alla fattoria di Eli David e la presunta morte di Ziva David, Tony è lasciato a ripercorrere la propria vita, mentre il resto della squadra continuerà a dare la caccia al fuggitivo Trent Kort, responsabile del bombardamento sulla fattoria. Si dice che ci sia un sopravvissuto all'attacco, ma non si tratta di Ziva, forse deceduta. Tony, devastato, scopre di avere una figlia, Tali, avuta da Ziva. Alla fine la squadra riesce a fermare Kort, incluso Tony, e, tutti insieme, lo uccidono crivellandolo di colpi per vendicare Ziva. Tony, alla fine, lascia l'NCIS, poiché non può più permettersi di fare un lavoro che gli fa rischiare quotidianamente la vita ora che si è scoperto padre, per di più essendo, probabilmente l'unico genitore nella vita di Tali.
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