Regia: Tony Wharmby, Terrence O'Hara. Cast: Chris O'Donnell, Daniela Ruah, Barrett Foa, Linda Hunt, Eric Christian Olsen, Renee Felice Smith, Miguel Ferrer, Peter Cambor, Nia Long.
Il team di Callen indaga su un caso di un virus killer creato in un laboratorio, nel quale si sospetta siano coinvolti dei poliziotti corrotti, tra cui il Tenente Bates, ex capo di Deeks nel LAPD; quest'ultimo viene contattato dalla Detective Whiting affinché convinca Bates a consegnarsi dopo che ha sparato a due poliziotti, e Deeks è l'unico di cui si fida. Per fare in modo che Deeks accetti, la Detective Whiting gli fa capire che si ricorda della sua confessione e potrebbe sempre usarla contro di lui. Hetty si trova ancora in Vietnam dove, dopo essersi fatta raccontare da Keane i dettagli sulla sua fuga e successiva cattura, viene presa in ostaggio da Dang.