La squadra di Callen deve catturare un gruppo che ha attraversato illegalmente la frontiera uccidendo dei clandestini trasportati in un autocarro e alcuni agenti di confine. L'unico testimone e' un bambino di nome Enrique, da cui la Mosley cerca di ottenere informazioni sugli assalitori. La Divisione Intelligence della Sicurezza Nazionale invia Sydney Jones, sorella maggiore di Nell, ad assistere l'NCIS; Kensi si trova faccia a faccia con Ahmed Han Asakeem, il terrorista responsabile del lancio del razzo in Siria che l'aveva fatta cadere in coma nell'ottava stagione. Sam si da' malato, ma Callen lo trova addormentato sulla sua barca dopo aver preso una sbronza il giorno precedente, anniversario suo e di Michelle. Intanto Hetty e' ancora prigioniera di Dang, che ha intenzione di venderla al miglior offerente. Alla fine dell'episodio, la Mosley rivela a Sam di avere un figlio di nome Derrick.
