Dopo che un Tenente della Marina addetto alle Risorse Umane scompare dalla scena di un incidente d'auto, la squadra scopre che anche il suo laptop è sparito e che qualcuno di recente ha aperto un file contenente informazioni confidenziali su Navy Seal in pensione le cui vite (e quelle dei loro familiari) potrebbero essere a rischio. Le indagini portano a un sito del dark web e a un giovane attentatore che viene rintracciato in una scuola abbandonata; Callen e Sam riescono a disinnescare le trappole esplosive piazzate e a ucciderlo, mentre Kensi e Deeks arrestano i suoi compagni; inoltre recuperano la lista degli obiettivi successivi. Al bar, ora chiamato "Il calamaro folle", i ragazzi gustano la prima birra ufficiale del mini birrificio messo su da Deeks.
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