USA, 2003 | Zion, roccaforte umana sulla terra, è assediata da un esercito pronto a assalire gli umani. I cittadini confidano nelle parole di Morpheus e Trinity: che l'Eletto adempierà alla profezia dell'Oracolo, bloccherà le macchine e porrà fine alla guerra. Secondo capitolo della trilogia.