Zor-El viene catturato da Scar e dai suoi amici nella Zona Fantasma. Kara conosce Nyxly, un folletto che crede di aver perso i suoi poteri. Silas si trasforma in un Fantasma. Il team deve trovare il Fantasma prima che infetti altre persone. M'Gann non rispetta un ordine di J'onn e viene contagiata da un Fantasma. Hank le trasferisce una parte della sua anima che ha dentro di sé, impedendola di trasformarsi in un Fantasma. Il team riesce a imprigionare i Fantasmi ma quello Primario riesce a fuggire attraverso un portale. Lena riesce a trasferire i soldi della fondazione di Lex all'ospedale pediatrico di National City. Lex si vendica causando un incendio nell'ospedale. Lena comunica a Lex che ha ottenuto un patteggiamento. Lascia la Luthor Corp e l'indagine su di lei e Non Nocère viene chiusa. Alex chiede a Kelly di andare a vivere con lei e Kelly accetta. Nyxly scopre di avere ancora i poteri. Lei e Kara trovano Zor-El e lo salvano.