Il cadavere di La Grenouille viene ritrovato solo adesso nel porto. Si tratta praticamente della continuazione del primo episodio della stagione: tutto il team viene messo sotto inchiesta. Il direttore viene sospeso e l'indagine interna viene affidata all'agente Fornell dell'FBI. Per primo viene indagato Tony, dopo che Jeanne afferma di averlo visto sul molo dove è stato ucciso Benoit; nel frattempo, Gibbs non si arrende ed entra nel database della CIA per continuare le indagini per conto suo. Nella sua cantina lavorano McGee, Ziva e Ducky, che svolge l'autopsia basandosi sulle foto del cadavere di La Grenouille. Tony rimane indagato fino a che Jeanne non ammette di non aver visto assolutamente Tony e di non essere neppure andata al molo. Alla fine, Gibbs capisce che ad uccidere La Grenouille è stata Jennifer, il direttore, ma le indagini ufficiali non riescono a dimostrarlo e il direttore riacquista il suo posto all'NCIS.
