Gibbs e McGee si recano in Russia per scortare in patria Kevin Hussein, esperto informatico dell'NCIS, ma il loro elicottero viene colpito da un missile terra-aria. Al quartier generale, il resto della squadra scopre che Hussein ha spedito negli USA la salma di suo zio e, analizzando il corpo, trova al suo interno una scheda di memoria contenente un prototipo di virus informatico molto potente. Recuperata la scheda, Abby attiva involontariamente il virus che si diffonde in tutta la rete informatica del quartier generale. Fortunatamente Gibbs, McGee e Hussein, inseguiti da coloro che li avevano abbattuti, vengono recuperati vicino al confine della Finlandia e, nel frattempo, il virus viene fermato. Il mercenario Sergei Mishnev, leader del commando che ha cercato di abbattere l'elicottero, sopravvive allo scontro a fuoco che precede il salvataggio.
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