Nel primo episodio della terza stagione, Batwoman continua a mantenere sicure le strade di Gotham, affiancata in questo da Batwing. Ma Luke si rende conto ben presto di non avere il pieno controllo della tuta. Nel frattempo, mentre Alice è rinchiusa senza speranza ad Arkham, Sophie si gode appieno la propria libertà. Ryan, quando fa visita ad Alice per chiederle conto di un'affermazione che era stata per lei una vera e propria bomba, e cioè che la propria madre naturale era ancora viva, si trova a dover decidere se andare a rimestare nel proprio passato. Mentre Mary si prepara a ricevere il diploma di laurea in medicina, soffre più che mai la mancanza della famiglia. Ma quando un ammiratore di Alice s'imbatte in uno dei trofei scomparsi di Batman, Gotham e il Bat Team vengono investiti da un'ondata di follia, culminante in una scioccante e raccapricciante cerimonia di laurea e in una collaborazione altrettanto scioccante.