USA, 2019 | San Francisco, 2014: la città è stata devastata dall'attacco dei mostri giganti Rodan e King Ghidorah, che combattono per il predominio sulla Terra, mentre un ecoterrorista cerca di impadronirsi di Orca, un dispositivo tecnologico in grado di comunicare con Godzilla. Ma la compagnia cripto-zoologica Monarch riuscirà a liberare Godzilla, che affiancato da Mothra proverà a fermare King Ghidorah.