Quando Lydia (Holland Roden) scompare dall'ospedale, lupi mannari e cacciatori iniziano una ricerca per scoprire non solo dove sia, ma anche cosa sia diventata. Intanto, il corpo di Jackson (Colton Haynes) sembra reagire al morso.

La notte prima della luna piena, il padre (John Wesley Shipp) di Isaac viene ucciso e Isaac (Daniel Sharman) arrestato; Scott (Tyler Posey), Stiles (Dylan O'Brien) e Derek (Tyler Hoechlin) vogliono farlo evadere prima che gli Argent arrivino a lui.

Scott (Tyler Posey) ferma Derek (Tyler Hoechlin) che è intento a creare nuovi lupi mannari, mentre Chris Argent (JR Bourne) inizia l'addestramento di Allison (Crystal Reed). Intanto, la nuova creatura a Beacon Hills miete una nuova vittima.

Il mutaforma colpisce di nuovo e Scott (Tyler Posey) recluta una riluttante Allison (Crystal Reed) per prendere un libro raro dalla collezione di Gerard (Michael Hogan), mentre lui tenta di sopravvivere a una cena con gli Argent.

Derek (Tyler Hoechlin) si convince che Lydia (Holland Roden) sia il mutaforma che cercano, dal momento che è immune alla tossina, e Scott (Tyler Posey) deve raggruppare i suoi amici, e persino qualcuno dei suoi nemici, per proteggerla.

Con nuove sorprendenti informazioni sul mutaforma, Scott (Tyler Posey) e Stiles (Dylan O'Brien) proteggono i loro amici, mentre la famiglia di Allison (Crystal Reed) le affida un'indagine. Inoltre, si scatena "il panico in discoteca".

Studiando il morso di Peter (Ian Bohen), Lydia (Holland Roden) cerca di fare dei collegamenti. Jackson (Colton Haynes) causa problemi a Scott (Tyler Posey) e Stiles (Dylan O'Brien), mentre Derek (Tyler Hoechlin) dubita delle sue capacità di leader.

Durante un concerto segreto, Scott (Tyler Posey) e Stiles (Dylan O'Brien) escogitano un piano per intrappolare il nuovo mutaforma, e la madre di Allison (Eaddy Mays) pensa a come eliminare Scott una volta per tutte.

La relazione con Allison (Crystal Reed) è tesa, ma Scott (Tyler Posey) deve partecipare alla festa di compleanno di Lydia (Holland Roden), mentre Derek (Tyler Hoechlin) mette al sicuro i nuovi lupi durante la loro prima luna insieme.

Dopo che viene rivelato un segreto, Scott (Tyler Posey), Stiles (Dylan O'Brien), Melissa e Stilinski sono in ostaggio nell'ufficio dello sceriffo. Allison (Crystal Reed) segue Derek (Tyler Hoechlin) fino all'ufficio e porta con sé Argent e Gerard.

Scott (Tyler Posey) deve aiutare la squadra a vincere i campionati di lacrosse, e cercare di fermare Gerard (Michael Hogan). Allo stesso tempo, Allison (Crystal Reed) e Argent (JR Bourne) continuano a dare la caccia a Derek (Tyler Hoechlin).

Nel finale di stagione, ancora scossi da una morte scioccante sul campo di lacrosse, Scott (Tyler Posey) e i suoi amici cercano di scoprire il piano di Gerard (Michael Hogan), ma Derek (Tyler Hoechlin) ha un piano tutto suo.