Nella seconda stagione la squadra di Pride si amplia, infatti entrano a farne parte a tutti gli effetti l'esperto informatico Patton Plame e l'agente Percy. Il filo conduttore è la lotta del team contro la Milizia, un gruppo di separatisti e terroristi, guidati da Zed Hastings. L'ultima parte della stagione segue invece la vicenda di John Russo, un importante agente della Sicurezza Interna che in realtà progetta un attacco terroristico di enorme portata.