Il filo conduttore dell'ottava stagione è la caccia al Killer dei Porti, un assassino dall'identità sconosciuta che arriverà a uccidere anche un uomo molto vicino a Gibbs. Con il team collaborano EJ Barrett e la sua squadra e la donna al termine della stagione viene presa in ostaggio dal Killer dei Porti in quanto è nipote del Segretario di Stato.