Nella settima stagione la squadra fa ritorno in Israele per liberare Ziva. La donna decide di ritornare negli Stati Uniti venendo accolta nell'ufficio con gioia e affetto. Le vicende si incentrano poi sul colonnello Bell, collegato ai figli di Pedro Hernandez, l'assassino di Shannon e Kelly Gibbs, a sua volta ucciso da Gibbs in cerca di vendetta molti anni prima. I due riescono a catturare l'agente speciale minacciandolo di uccidere le persone a lui care, partendo da suo padre.