Nella tredicesima stagione Gibbs riesce miracolosamente a sopravvivere e DiNozzo riesce a localizzare e a eliminare Daniel Budd, il leader de I Chiamati mettendo fine alla pericolosa organizzazione terrorista. La squadra si trova poi a far fronte a un caso che coinvolge anche l'MI6 e a collaborare con l'agente Clayton Reeves.