Nella nona stagione Gibbs e i suoi uomini si trovano a fronteggiare Harper Dearing, un piromane in cerca di vendetta per la morte di suo figlio, morto a bordo di una nave a causa di una falla nella sicurezza. Nel finale di stagione la sede centrale di Washington viene fatta esplodere con Gibbs e tutti gli agenti al suo interno. Ci saranno vittime?