Kara sembra avere finalmente tutto sotto controllo, rimanendo impegnata nel suo ruolo di eroina e reporter. Nel frattempo, Alex, nuovo direttore del DEO, si dimostra piu' che all'altezza in questo ruolo ma deve ancora trovare un punto d'incontro con Brainy, sostituto di Winn. J'onn, gestisce ora un gruppo di suoi simili che hanno difficolta' a integrarsi con gli esseri umani. L'arrivo a National City di Mercy Graves, ex braccio destro di Lex Luthor, e di suo fratello Otis, ora entrambi al servizio del misterioso Agent Liberty, da' il via a un'escalation di odio e violenza nei confronti degli alieni, arrivando a minacciare anche la Presidentessa Marsdin...